Tính toán sàng lọc hợp chất thuốc cho đích protein của SARS-CoV-2

Phần mềm cổng thông tin tính toán năng lượng liên kết của các hợp chất với các đích proteins của virut SARS-CoV-2 sử dụng các mô hình học máy thị giác máy tính (Convolutional Neural Network) và mô hình động học phân tử để tính ái lực và năng lượng liên kết của hợp chất thuốc với các đích proteins.

Tạm thời chúng tôi chỉ thiết kế cho đích là proteaza chính của vi rút SARS-CoV-2. Trong tương lai gần sẽ bổ sung cho các đích protein khác của vi rút SARS-CoV-2 như Spike protein, RNA-dependent RNA polymerase; cũng như các protein của các giống, chủng, loài khác, không chỉ sàng lọc thuốc mà cho phép tính toán ải lực liên kết của nhiều loại phân tử khác như kháng sinh, kháng vi rút, pep-tít, aptamer, ...

Hy vọng các bạn thấy trang web bổ ích. Theo tình hình tài trợ trong tương lai, trang web này sẽ được cập nhật bổ sung thêm các chức năng phong phú, cho phép sàng lọc thiết kế thuốc cho nhiều đích hơn.

Tải file hợp chất thuốc ở định dạng .sdf sử dụng button dưới đây: Chú ý:

  • Bạn có thể tải file ZIP gộp nhiều hợp chất thuốc.
  • Người dùng cần chú ý là trạng thái tích điện (protonation state) của hợp chất thuốc được mặc định dựa theo SDF. Việc thêm hay bớt một nguyên tử hydro có thể ảnh hưởng lớn tới kết quả tính toán ái lực liên kết. Chúng tôi không tự động thay đổi trạng thái tích điện của hợp chất.
  • Chúng tôi recommend người dùng tải hợp chất về từ PubChem, hoặc file.sdf có thông tin PUBCHEM_COMPOUND_ID. Nhiều thông tin chúng tôi có thể tự tìm từ PubChem khi biết ID.

Phần mềm trực tuyến này tích hợp các công cụ và thư viện sau:

  • GROningen MAchine for Chemical Simulations or, GROMACS để thực hiện mô phỏng động lực học phân tử các phân tử sinh học.
  • PLUMED, AutoDock, AmberTools, gmx_MMPBSA, ; acpype, Pafnucy, ... để chuẩn bị mẫu, lấy mẫu nâng cao tập hợp thống kê của hệ, tính toán năng lượng tự do, và thực hiện mốt số phân tích.
  • Tools from David Case group for manipulation of DNA structures.
  • Các công cụ tự lập trình.
  • NGL javascript để hiển thị cấu trúc 3D trực tuyến.

Phần mềm trực tuyến này đươc xây dựng bởi:

  • GS. TS. Nguyễn Thế Toàn, ý tưởng, cài đặt, lập trình viên chính.
  • CN. Nguyễn Việt Anh, tạo protein pocket để tính toán ái lực.
  • Các sinh viên K64 ngành Kỹ thuật điện tử tin học: Dương Xuân Đức,

Trang web này chỉ được sử dụng cho mục đích nghiên cứu, giảng dạy, và phi lợi nhuận. Xin liên hệ Nguyễn Thế Toàn, toannt AT hus DOT edu DOT vn nếu bạn có câu hỏi hay nhu cầu sử dụng cho các mục đích khác.

Back to biomolecule tools